第一部

　　黑社会里接连发生了黑手党干部被暗杀的事件。在这背后流传着迷之组织“Inferno”和最强的杀手“Phantom”的传言……

　　一个人在美国旅行的少年（主角），在Phantom杀死调查她的记者的现场，偶然遇到了Phantom，发现她其实是个与自己岁数相差无几的少女。

　　之后，他被Inferno的科学家Scythe Master消除了记忆，并为了取回记忆而拜被称为Phantom的少女Ein为师成为杀手。

　　之后，他在某天通过了射杀一名SAT的考验后，正式成为了Inferno的杀手。

　　然后，主角得到了Zwei的代号，和Ein一起杀人。

　　大约过了半年左右，Zwei发现看似无感情的Ein其实是个把感情深埋在心底的人。

　　Ein接到了条指令后单独去执行任务了，而Zwei则担任Scythe的上司Claudia的警卫。

　　通过Claudia，Zwei取回了自己的记忆，记起了自己是日本的中学生吾妻玲二。此时Claudia要求主角以吾妻玲二的身份向她个人效忠。

　　因为记忆恢复而良心备受煎熬的玲二跑到了自己的杀手训练场所，在那里见到了身负重伤的Ein。

　　原来所谓的任务是Scythe让她背叛Inferno。

　　此时，玲二必须在三个选择中做出决断：

　　一：孤身一人逃回日本去

　　二：和Ein一起逃走

　　三：向Claudia效忠

　　选择一，主角逃回日本以后因为记忆错乱变成了精神病。

　　END

　　选择三

　　玲二为了证明自己对Claudia的忠诚，决定杀掉Scythe。

　　经过一番激战，玲二因为开枪击中了保护Scythe的Ein而得到了Claudia的信任，成为了最强的杀手Phantom。

　　一年后，身为Claudia情人的玲二为了她正在做暗杀日本黑帮的工作，却意外地再见到了Ein的身影。

　　在Claudia的房间中，玲二带着记录有Inferno机密的MO准备和Claudia一起叛逃，此时Ein挡在了他的身前。原来一切都是Inferno为了挖出内奸Claudia所设的圈套。

　　在宁静的月光下，玲二为了Claudia，射杀了Ein，看着她在自己的怀中气绝。

　　拿着MO的玲二，在经过激烈的汽车追逐战之后，终于逃到了安全的地方。

　　此时，Claudia却拿枪指着他说：“我要逃向的那个组织，要求你的尸体作为忠诚的证明。”

　　玲二必须在二个选择中做出决断：

　　·1：任Claudia开枪

　　·2：向Claudia开枪

　　·选择1：玲二在弥留之际对着泪流满面的Claudia说：“只要活下去，总有一天能取回失去的东西。我相信你能做到。”

　　END

　　·选择2：倒在玲二怀中死去的Claudia露出了幸福的微笑。

　　带回MO的玲二重新得到了Inferno的信任。

　　5年后，包括Scythe在内的Inferno干部一个接一个遭到暗杀，而下手的人是——玲二。

　　END

　　选择二：玲二决定带Ein逃走。

　　面对为自己的杀手身份而苦恼不堪的Ein，玲二为了她取了个新名字：Elen。

　　玲二和Elen为了逃走决定杀掉Scythe 。

　　正当玲二朝着Scythe开枪的时候，Elen冲上去为Scythe挡枪。

　　结果Scythe逃走，而玲二则回到Inferno成为Phantom。